こうして順永、光宣、箸尾宗信など筒井派は没落し、喜んだのは経覚でした。奈良市中の治安維持や行政の長官にあたる奈良中雑務検断職に古市氏の代官として山村胤慶など4名を起用しています。長禄3年(1459)5月に筒井順永、光宣、箸尾らが赦免されるのですが、弥三郎派を支持していた細川勝元によるもので、興福寺両門跡に対して没収した知行地を返すよう幕府御教書が下り幕府の影響が興福寺に及んでいる例になります。ちなみに尋尊はこれに対して光宣に祝意を表します。光宣から幕府に御礼のために京へ上る人夫を尋尊に依頼しており、筒井氏の復帰を尋尊は喜んでいます。弥三郎も同年7月に赦免されますがまもなく死去(戦死とも)し、その後弥二郎(政長)が擁立されることにいなります。筒井派はもちろん、勢いづくことになります。越智家栄、古市胤栄らは筒井氏闕所の返還をめぐり筒井派と争いますが、形勢は悪く経覚と光宣は大乗院にて会談を行い、お互い和睦することとなりました。
　結果、旗色が悪くなったのが畠山義就なのですが寛正元年(1460)9月に将軍義政と不和になり、弥二郎政長が家督と認められ挙句、追捕令が出されます。義政が義就に対して隠居を命じ猶子である政国に家督を譲るように命じたことが発端(呉座勇一氏)、もしくは殺生禁断令のさなかに鷹狩りをした(奈良市史)など、原因はあるようですが光宣など細川勝元方の謀略だったのか、義就は河内に帰国します。
　追討令には実質、大和国衆が動いただけに過ぎなかったようで、筒井順永、光宣の筒井氏が畠山政長を擁して兵を起こした形だったようです。古市氏は春藤丸(胤栄)の代官として名が知られた山村胤慶が実質、取り仕切っていたと思われますが、目立った動きはなく中立の立場だったようです。経覚も思った以上に軍勢が集まらない政長や光宣らを愚かと言っているだけで積極的にかかわっていません。ただこの争いは義就の敗北に終わり義就は吉野へ没落し、反対に政長は管領に任命されます。以後、義就は越智氏の支援を受けつつ捲土重来を期することとなります。古市氏も当主の春藤丸が寛正6年(1465)に胤栄を名乗り、翌文正元年(1466)に山村胤慶が逐電しており胤栄と胤慶が対立したことがうかがえます。